Réhabiliter des écosystèmes dégradés, utiliser des plantes pour dépolluer les sols ou filtrer les eaux usées, créer de nouveaux écosystèmes basés sur une co-existence durable de l'homme et de la nature... en s’inspirant des lois qui gouvernent l’organisation et la dynamique des systèmes naturels, l'ingénierie écologique est l'outil par excellence d'une nouvelle économie dite verte capable d'assurer durablement notre présence sur Terre. Bien qu’encore très expérimentale, cette discipline connaît un essor sans précédent. L’obligation de compensation, mesure visant à contrebalancer les effets négatifs pour l'environnement d'un projet, pourrait être un moteur incontestable à condition de ne pas être simplement une manière de se racheter une « bonne conscience verte ». La nature a su développer des astuces extraordinaires pour s’adapter aux activités humaines. Certaines espèces végétales sont capables de croître et de se multiplier sur des sols hautement contaminés en métaux lourds, mais aussi d’extraire ces éléments traces métalliques et les séquestrer dans leurs feuilles. Ces plantes dites métallophytes peuvent être à la base de procédés de restauration écologique d’anciens sites miniers et industriels.
Certains animaux peuvent également être appelés à la rescousse pour contribuer à la reconstitution des écosystèmes originels : fourmis moissonneuses pour disséminer les graines, moutons pour réguler la pousse des végétaux… Pourquoi ne pas laisser la nature reprendre ses droits ? Pour éviter que des espèces invasives ne s’imposent ! En effet, les écosystèmes sont des équilibres très subtils et toutes les modifications sur les relations entre espèces doivent être rigoureusement encadrées.