A la jonction de la théorie de l'évolution et de la pensée médicale, se développe depuis peu une discipline originale - on parle parfois de "médecine darwinienne". Cette médecine évolutionniste nous aide à comprendre comment les maladies infectieuses apparaissent et évoluent, pourquoi certains antibiotiques cessent d'être efficaces, comment les changements des modes de vie et les politiques de santé publique affectent l'évolution des agents pathogènes, comment l'espèce humaine est façonnée par ses maladies.

De fait, les micro-organismes offrent l'un des exemples les plus remarquables d'évolution rapide. Depuis l'apparition de l'homme moderne, il s'est écoulé environ 7 500 générations, le même nombre que pour le virus du sida en vingt ans. Sachant que ce virus est apparu voici environ un demi-siècle, on mesure l'importance de l’histoire évolutive des nouvelles maladies infectieuses. En comprenant leur origine, on peut espérer les maîtriser et imaginer des traitements originaux.